Το έργο στα Χανιά ξεκίνησε από τον αδελφό Πάνο Ζαχαρίου το 1946. Ο αδ. Ζαχαρίου ήταν ένας Ευαγγελικός που έγινε φλογερός κήρυκας του ευαγγελίου και ποιμένας στην εκκλησία της Πεντηκοστής. Δικάστηκε 11 φορές για το όνομα του Ιησού και γενόμενος θύμα ψευδομαρτύρων καταδικάστηκε σε 2 χρόνια φυλάκιση.

Ο αδελφός Δημήτρης Πλάκας (1927-1996) πίστεψε στο Χριστό το 1955. Το 1957 ανέλαβε την Αποστολική Εκκλησία Πεντηκοστής (ΑΕΠ) στα Χανιά, μετά από τον θάνατο του αδερφού Ζαχαρίου. Υπηρέτησε την εκκλησία των Χανίων για 8 χρόνια. Το 1964 αναχώρησε για την Αμερική μαζί με την σύζυγό του. Εργαζόταν για να ζήσει την οικογένειά του και παράλληλα υπηρετούσε το έργο του Θεού στην Ελληνική εκκλησία της Πεντηκοστής στην Αμερική.

Το διάστημα αυτό δεν υπήρχε στην εκκλησία των Χανίων δεν υπήρχε κάποιος μόνιμος ποιμένας, αλλά υπηρέτησαν την εκκλησία αδερφοί από Αθήνα και διάφορες περιοχές της Ελλάδας. Μετά από 10 χρόνια (1974) ο αδ. Δημήτρης Πλάκας επέστρεψε στα Χανιά της Κρήτης, μαζί με την σύζυγό του και τα τρία τους παιδιά. Είχε πολύ αγάπη και ζήλο για το έργο του Θεού και συνέχισε να υπηρετεί στην εκκλησία της Πεντηκοστής. Ευαγγέλισε πόλεις και χωριά σχεδόν σε όλη την Κρήτη. Έτσι υπήρξε σταδιακή αύξηση των πιστών.

Μετά από επικοινωνία του αδ. Πλάκα με τον αδελφό Λ. Φέγγο, του εξέφρασε την επιθυμία του να ενωθεί με την Ελευθέρα Αποστολική Εκκλησία Πεντηκοστής. Αυτό έγινε έπειτα από έρευνα και προσεκτική μελέτη του Λόγου του Θεού από τον αδερφό Δημήτρη και ενώ παράλληλα επαλήθευε την διδασκαλία της ΕΑΕΠ με τον λόγο του Θεού. Έτσι αποχώρησε από την ΑΕΠ και ξεκίνησε κατ’ οίκον συνάθροιση στο σπίτι του (Νίκου Καζαντζάκη 7), όπου υπήρξε μεγάλη προσέλευση νεολαίας. Το 1976 λόγω αύξησης των πιστών, ανοίχτηκε η πρώτη αίθουσα της Ελευθέρας Αποστολικής Εκκλησία Πεντηκοστής Χανίων στο κέντρο της πόλης όπου και στεγάστηκε για 2 χρόνια.

Συνεχίστηκε η αύξηση των πιστών με αποτέλεσμα την μετακόμισή της ΕΑΕΠ Χανίων (το 1985) στη οδό Αποκορώνου 32, στον 1ο όροφο. Λίγα χρόνια αργότερα αποφάσισαν να μετακομίσουν οι αδερφοί σε μεγαλύτερη αίθουσα (το 1991) στην οδό Αποκορώνου 99 (1ο όροφο).

Το 1985 ιδρύθηκε και η ΕΑΕΠ Ρεθύμνου, όπου για 10 χρόνια ο Δημήτρης Πλάκας, κήρυττε το ευαγγέλιο του Ιησού Χριστού δύο φορές την εβδομάδα, ενώ παράλληλα ποίμαινε και την εκκλησία των Χανίων. Υπήρξαν πολλοί διωγμοί και δικαστήρια για προσηλυτισμό. Διώχτηκε πολύ από φανατικούς θρησκευόμενους και ενάντιους ανθρώπους, αλλά κανείς δεν μπόρεσε να εμποδίσει τον αδελφό από το να εργάζεται το έργο του Θεού. Αντίθετα οι πιστοί αύξαναν. Το 1988 πίστεψαν περίπου 10 νέοι τους οποίους ελευθέρωσε ο Κύριος από την μάστιγα των ναρκωτικών. Οι περισσότεροι από αυτούς υπηρετούν σήμερα τον Κύριο σε διάφορες εκκλησίες της Ελλάδος.

Το 1991 αποτελεί σταθμό στην ιστορία της ΕΑΕΠ Χανίων. Εκείνη την χρονιά συστάθηκε ο πρώτος χριστιανικός ραδιοφωνικός σταθμός στα Χανιά με την επωνυμία: «ΧΡΙΣΤΙΑΝΙΣΜΟΣ 92,1 fm», ο οποίος ήταν καινοτόμος για την εποχή του, καθώς ήταν από τους πρώτους χριστιανικούς ραδιοφωνικούς σταθμούς στην Ελλάδα. Στόχος του συγκεκριμένου σταθμού ήταν και είναι να διακηρύττει τις αλήθειες του ευαγγελίου αδάπανα και να επιστρέφει στο Χριστό απομακρυσμένες ψυχές. Το πρόγραμμα του αρχικά αποτελούταν από μαγνητοσκοπημένα κηρύγματα (κασέτες). Όμως με την πάροδο των χρόνων και την πρόοδο της τεχνολογίας, σήμερα πλέον οι πηγές εκπομπής αντικαταστάθηκαν με τους Η/Υ (MP3), internet και δορυφόρο, όπου μεταδίδονται τόσο μαγνητοσκοπημένα, όσο και ζωντανά κηρύγματα και εκπομπές από το στούντιο του ΧΡΙΣΤΙΑΝΙΣΜΟΥ.

Τον Ιανουάριο του 1996 ο αδερφός Δημήτρης Πλάκας αναχώρησε για τον Κύριο. Το 1997 ανέλαβε την Εκκλησία των Χανίων ο αδελφός Αργύρης Πάσουλας, έπειτα από οδηγία του Πνεύματος του Αγίου. Εκείνη την χρονιά ο αδερφός από την Αθήνα όπου βρισκόταν μετακόμισε με την οικογένειά του στο Ρέθυμνο. Ο αδερφός Αργύρης Πάσουλας, ερχόταν από το Ρέθυμνο στα Χανιά 3 φορές την εβδομάδα (Τετάρτη, Παρασκευή και Κυριακή) για να φέρει τον λόγο του Θεού στην εκκλησία των Χανίων. Το έργο στα Χανιά αυξήθηκε και μετά από 3 χρόνια (το 2000), όπου  η εκκλησία των Χανίων μετακόμισε σε αρκετά μεγαλύτερη αίθουσα στην οδό Αλεξάνδρου Παναγούλη 38 στον Κουμπέ, όπου και στεγάζεται μέχρι σήμερα (2008).

Το 2006 ο αδ. Αρ. Πάσουλας μετατίθεται επαγγελματικά στην Αθήνα, και  κατεβαίνει στην Κρήτη πλέον σχεδόν κάθε Σαββατοκύριακο. Ετσι τον αντικαθιστά ο αδερφός Παναγιώτης Μητράκης πρεσβύτερος της ΕΑΕΠ Χανίων με την υποστήριξη τότε, τριών διακόνων. Το 2007 ο αδερφός Αργύρης Πάσουλας μετακομίζει πλέον οικογενειακώς από το Ρέθυμνο στην Αθήνα και επισκέπτεται την εκκλησία των Χανίων κάθε ένα με δύο μήνες.

Το 2008, ο αδερφός Αργύρης Πάσουλας που ποίμαινε την ΕΑΕΠ Χανίων για περίπου 11 χρόνια, παραδίδει την θέση του υπευθύνου στον αδερφό Παναγιώτη Μητράκη. Τον αδερφό Π. Μητράκη τον πλαισιώνουν σήμερα*  τρεις ακόμα πρεσβύτεροι.

Σήμερα η ΕΑΕΠ Χανίων αριθμεί περίπου 100 πιστούς, όπου μεγάλο μέρος της απαρτίζεται από νέους οι οποίοι εργάζονται με ζήλο στον αγρό του Κυρίου ενασχολούμενοι είτε στο ραδιοφωνικό σταθμό, είτε στο internet, ή σε ευαγγελιστικές εξορμήσεις.