Το Κυριακό Σχολείο της εκκλησίας των Χανίων γίνεται κάθε Κυριακή πρωί 10:30 - 11:00 σε ειδικά διαμορφωμένο χώρο και σε αυτό συμμετέχουν παιδιά ηλικίας έως 12 ετών, όπου τα παιδιά μαθαίνουν ιστορίες και εδάφια μέσα από την Αγία Γραφή, ψάλλουν παιδικούς ύμνους και συζητάνε για θέματα της ηλικίας τους. Εκτός από την Κυριακή κάποια Σάββατα μαζεύονται τα παιδιά στην εξοχή και συμμετέχουν σε αθλητικές δραστηριότητες και παιχνίδια το καλοκαίρι, ενώ το χειμώνα μαζεύονται σε εσωτερικό χώρο παίζοντας παιχνίδια και συζητώντας ιστορίες μέσα από τη Γραφή. Σκοπός του Κυριακού Σχολείου είναι να βοηθήσει τα παιδιά μικρότερης ηλικίας να αναπτύξουν μια σχέση με το λόγο του Θεού και την προσευχή, θωρακίζοντάς τα από μικρούς και μεγάλους πειρασμούς που θα συναντήσουν στη ζωή τους.